У меня очень похожая ситуация на таком же девайсе, если диск подключён через usb3 то после первой же загрузки на нём высыпается ФС. Переформатирование на ББ и последующая проверка не дают никаких ошибок, всё чисто. Проверял на 6 разных дисках и на 2-х разных конвертерах, один из которых был с автономным питанием.
Но!!! Стоит подключить диск к usb2 после раскатки системы и всё работает без единой ошибки, но конечно же скорость совсем не та...
Прошивка самая последняя.
Проверил на rpi400 - ситуация такая же!