есть вариант проще!
GPIO - это девайс, а с любым девайсом в линухе можно работать как с файловой системой.
Внимательно читаем даташит к GPIO, в php через shell_exec даем возможность писать или читать в(с) GPIO и стандартными:
$string = file_get_contents("/put/k/failu"); //Читаем с GPIO
и
file_put_contents("/put/k/failu", $string); //Пишем в GPIO
Проверял лично, работает.
для тех кто в танке, почитать http://raspberrypi.ru/readblog/43/ , в частности первый коммент.