В итоге получил следующее:
/boot/config.txt добавить: dtoverlay=pi3-disable-bt
Консоль: sudo systemctl disable hciuart
/boot/cmdline.txt убрать: console=serial0,115200
После этого работа с UART0 ведется через ttyAMA0, при этом никаких проблем с прерываниями в ходе работы не возникает (По крайней мере пока их небыло).